Pada zaman glasial, yaitu suatu zaman ketika air permukaan didominasi dalam bentuk es yang beku dan terakumulasi di sekitar kutub, volume air laut masih sedikit sehingga permukaan darat lebih luas. Pada saat itu, landas kontinental (lempeng) Asia masih dalam bentuk daratan yang bersatu dan tidak terpisahkan oleh laut sehingga fauna yang ada di wilayah Asia dapat bermigrasi, baik yang melalui perjalanan darat maupun terbawa angin atau sungai. Begitu pula yang terjadi di landas kontinental (lempeng) Australia.
Setelah zaman glasial berakhir, es di kutub mencair dan volume air laut bertambah sehingga dataran rendah di pesisir banyak yang tergenang dan berubah seperti sekarang ini. Oleh karena itu, ada kesamaan fauna antara Pulau Sumatra, Jawa, dan Kalimantan serta pulau-pulau kecil yang ada di sekitarnya karena wilayah tersebut tadinya terhampar dalam satu daratan yang tidak
terpisah oleh laut.
Berdasarkan wilayah flora dan fauna, Persebaran flora dan fauna Indonesia terbagi menjadi tiga yaitu sebagai berikut.
1) Flora dan Fauna Indonesia bagian barat, meliputi Pulau Sumatra, Pulau Jawa, Pulau Kalimantan, dan pulau-pulau kecil yang ada di sekitarnya.
2) Flora dan Fauna Indonesia bagian tengah, meliputi Pulau Sulawesi, Kepulauan Maluku, dan Kepulauan Nusa Tenggara;
3) Flora dan Fauna Indonesia bagian timur, meliputi wilayah Papua dan pulau-pulau lain di sekitarnya.
Wilayah fauna Indonesia bagian barat dengan fauna bagian tengah dibatasi oleh garis Wallace, sedangkan wilayah fauna Indonesia bagian tengah dengan wilayah Indonesia bagian timur dibatasi oleh garis Weber.
Penyebaran flora dan fauna di Indonesia dipengaruhi oleh beberapa faktor. Faktor tersebut di antaranya:
1) keadaan iklim;
2) keadaan tanah;
3) pengaruh makhluk hidup atau biotik.
1. Flora dan Fauna di Landas Kontinen Asia (Dangkalan Sunda)
Jenis fauna yang ada di wilayah Indonesia bagian barat di antaranya sebagai berikut.
a) Jenis mamalia yang terdiri atas gajah, badak bercula satu, tapir, rusa, banteng, kerbau, monyet, orang utan, macan, tikus, bajing, kijang, landak, dan babi hutan.
b) Jenis reptil yang terdiri atas buaya, kura-kura, kadal, biawak, ular, bunglon, dan trenggiling.
c) Jenis burung terdiri atas burung hantu, elang, jalak, merak, kutilang, dan berbagai macam unggas.
d) Berbagai jenis serangga.
e) Berbagai macam ikan tawar, yaitu sejenis lumba-lumba dari Sungai Mahakam.
dibedakan menjadi sebagai berikut.
a. Flora dan Fauna di Pulau Sumatra dan Sekitarnya
Flora khas Sumatra yang masih terpelihara dengan baik di antaranya terdapat di Taman Nasional Gunung Leuser. Taman Nasional Gunung Leuser terdapat di wilayah Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam (NAD). Kekhasan flora pada beberapa daerah ada yang dijadikan maskot atau identitas daerah, seperti cempaka kuning dijadikan maskot Nanggroe Aceh Darussalam. Adapun fauna yang dijadikan maskotnya adalah burung murai kuning atau murai emas. Oleh karena itu, maskot Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam sering disebut burung cempaka kuning.
Bunga kenanga dijadikan maskot masyarakat Sumatra Utara. Bunga ini digunakan untuk upacara adat terutama pada upacara pemakaman dan ziarah kubur. Burung beo merupakan burung khas Pulau Nias. Adapun pohon andalas dijadikan maskot Sumatra Barat. Fauna kawasan Sumatra Barat terdapat berbagai jenis hewan liar, seperti gajah, harimau, rusa, dan kera. Jenis flora yang ada di Taman Nasional Gunung Leuser juga tersebar di Bengkulu, seperti meranti, damar, kayu manis, dan suweg raksasa yang dijadikan maskot pemerintah Bengkulu, sedangkan faunanya beruang madu.
Di Provinsi Riau, banyak dijumpai meranti, kemenyan, kamper, merawang, rotan, dan damar. Provinsi Riau mempunyai tanaman langka, yaitu nibung. Tanaman ini digunakan untuk pipa air bagi lantai rumah panggung, dan bahan jembatan. Selain pohon nibung, burung serindit juga dijadikan maskot Provinsi Riau. Adapun di Provinsi Jambi, flora terkenal di antaranya pohon pinang yang merupakan tanaman hias. Faunanya yang terkenal adalah harimau sumatra.
Flora khas Provinsi Sumatra Selatan adalah tanaman buah duku. Faunanya yang terkenal adalah gajah, badak, harimau, tapir, siamang, beruang, buaya, dan ikan duyung. Di Provinsi Lampung, flora khas yang terkenal adalah jenis bunga yang mempunyai kebiasaan mekar di waktu sore, yaitu bunga ashar. Fauna yang banyak ditemukan adalah gajah, badak sumatra, harimau, kera, babi, badak, kijang, dan musang.
b. Flora dan Fauna Pulau Jawa dan Bali
Flora khas DKI Jakarta di antaranya salak condet. Tanaman ini banyak ditanam di daerah Condet. Provinsi DKI Jakarta pada awalnya memiliki banyak rawa dan hutan mangrove (bakau). Hutan ini sebagai habitat yang baik untuk berbagai jenis burung di antaranya elang bendol. Elang bendol ini dijadikan maskot Provinsi DKI Jakarta. Flora khas Banten banyak dijumpai adalah hutan hujan tropis. Hujan sekundernya banyak dijumpai di daerah yang padat penduduknya, seperti hutan jati, pinus, albasia, dan kayu putih. Fauna khas Provinsi Banten adalah badak bercula satu, kera, banteng, kurakura, penyu, dan buaya.
Flora khas yang banyak dijumpai di Provinsi Jawa Barat adalah hutan hujan tropik. Hutan sekundernya banyak dijumpai yaitu karet, kina, cengkeh, kopi, cokelat, tebu, kapuk, dan lain-lain. Flora yang dijadikan maskot Provinsi Jawa Barat adalah Gandaria. Flora khas yang banyak dijumpai di Provinsi Jawa Tengah adalah jati dan tembakau. Faunanya banyak dijumpai di hutan sebagai satwa liar, di antaranya kera, harimau, babi hutan, dan ular. Flora khas yang dijumpai di Provinsi DI Yogyakarta adalah pohon kepel. Tanaman ini dijadikan maskot Provinsi DI Yogyakarta. Fauna khas Yogyakarta di antaranya musang, harimau, landak, dan burung. Burung perkutut adalah binatang yang dijadikan maskot Provinsi DI Yogyakarta.
Flora khas Provinsi Jawa Timur antara lain jati, mahoni, dan akasia. Fauna yang dijumpai antara lain rusa, babi hutan, anjing hutan, dan harimau jawa. Flora identitas Jawa Timur adalah bunga sedap malam. Flora yang terkenal di Provinsi Bali antara lain sawo kecik, kepelan, munde, kwanitan, pandak, cempaka kuning, dan duren. Fauna yang ada di Provinsi Bali antara lain babi hutan, kijang, rusa, banteng, dan harimau.
c. Flora dan Fauna di Daerah Pulau Kalimantan
Flora yang dijumpai di Provinsi Kalimantan Barat adalah tengkawang tungkul. Fauna yang ada di Kalimantan Barat antara lain burung enggang gading yang dijadikan maskot daerah. Flora khas di Provinsi Kalimantan Tengah adalah tenggaring. Tanaman ini mirip dengan rambutan di Jawa Barat. Tanaman ini dijadikan maskot daerah Kalimantan Tengah. Fauna maskot Kalimantan Tengah adalah burung kuau melayu. Adapun flora yang terkenal di Provinsi Kalimantan Timur di antaranya meranti, ulin, keruing, damar, lempung, agates, rotan, bambo, dan pakis. Flora yang dijadikan maskotnya adalah anggrek hitam. Fauna yang banyak ditemukan di Provinsi Kalimantan Timur antara
lain kera, orang utan, babi, musang, dan ikan. Sementara, flora yang terdapat di Provinsi Kalimantan Selatan antara lain hutan primer, hutan sekunder, semak belukar, padang ilalang, dan rawa. Flora endemik Kalimantan Selatan adalah kasturi. Fauna endemik yang perlu dilindungi dan dijadikan maskot Provinsi Kalimantan Selatan adalah bekantan. Binatang ini merupakan spesies kera, sejenis lutung.
2. Flora dan Fauna di Landas Kontinen Australia (Dangkalan Sahul)
a) Jenis mamalia yang terdiri atas kanguru, wallaby, beruang, nokdiak (landak irian), dan kuskus.
b) Jenis reptil yang terdiri atas buaya, biawak, ular, kadal, dan kura-kura.
c) Jenis amfibi yang terdiri atas katak pohon, katak terbang, katak air.
d) Jenis burung yang terdiri atas nuri raja udang, cendrawasih, dan kasuari.
e) Berbagai jenis ikan.
Burung cendrawasih dijadikan maskot Provinsi Papua. Burung tersebut dianggap fauna asli Papua dan populasinya dewasa ini sudah langka.
3. Flora dan Fauna di Wilayah Wallace
Flora khas Provinsi Sulawesi Tengah adalah anggrek putri donggal, aghatis, meranti, kayu palupi, rotan, dan kayu eboni. Fauna di wilayah ini yaitu tapir, anoa, babi rusa, monyet, dan burung maleo. Flora di wilayah Sulawesi Selatan antara lain kayu hitam, akasia, rotan, kemiri, bambu, markisa, dan anggrek. Flora yang dijadikan maskot daerah ini adalah lontar. Jenis faunanya adalah babi rusa, anoa, dan babun jambul. Fauna yang dijadikan maskot burung ranggong atau enggang sulawesi.
Flora yang dijumpai di Sulawesi Tenggara antara lain rotan, bakau, damar, dan bambu.Fauna yang terkenal antara lain kera, babi hutan, burung maleo, dan anoa yang dijadikan maskot. Adapun flora yang banyak dijumpai di Provinsi Maluku yaitu meranti, kayu besi, kayu goppasa, jati, cendana, rotan, sagu, dan kayu putih di Pulau Buru. Fauna di wilayah Maluku antara lain rusa, babi hutan, kerbau liar, sapi liar, kuskus, biawak, dan penyu yang dijadikan maskot adalah burung nuri raja atau nuri Ambon.
Flora yang banyak dijumpai di Provinsi Nusa Tenggara Barat, yaitu kareng dan kayu hitam serta ajan kallicung sejenis kayu hitam yang agak merah kekuningan. Maskot pemda NTB adalah ajan kallicung. Fauna di wilayah ini adalah rusa, kijang, monyet, sapi liar, biawak, ular, kuda, kerbau sapi, dan domba. Flora yang ada di Provinsi Nusa Tenggara Timur adalah cendana, akasia, lontar gewang, kayu putih, meranti, dan sirih hutan. Maskot Pemda Nusa Tenggara Timur adalah kayu cendana. Fauna di wilayah NTT, misalnya kuda, rusa, babi hutan, kuskus, dan berbagai jenis reptil seperti komodo.