epulauan Indonesia berada di antara dua samudera dan dua benua. Samudera yang dimaksud adalah Samudra Hindia dan Samudra Pasifik, sedangkan benua yang dimaksud adalah Benua Asia dan Benua Australia. Letak Kepulauan Indonesia sebenarnya sangat strategis dalam posisi silang tersebut, namun apabila dilihat dari segi geodinamika ternyata sangat berbahaya. Alasannya wilayah Nusantara tepat berada di atas tungku api yang bersumber dari magma yang ada di dalam perut bumi.
Inti perut bumi itu berupa cairan yang bersuhu sangat tinggi. Semakin ke dalam, suhu dan tekanannya juga semakin tinggi. Suhu yang tinggi menyebabkan semua material akan meleleh dan berwujud cairan yang sangat panas. Keberadaan cairan yang terus menerus bergejolak ini sudah terjadi jutaan tahun yang lalu. Itu sebabnya ketika ada celah, maka cairan tersebut akan keluar dan disebut lava cair. Ketika cairan tersebut berhasil mencapai permukaan bumi, maka suhunya menurun hingga mencapai 30 derajat Celcius. Pada suhu inilah, cairan yang keluar tadi akan membeku dan membentuk batuan beku atau kerak bumi.
Sebagian besar wilayah Asia Tenggara dilalui pegunungan lipatan muda jalur Mediterania dan Pegunungan Sirkum Pasifik.
a. Jalur Pegunungan Mediterania
Jalur Pegunungan Mediterania masuk ke Indonesia dimulai dari pegunungan di Sumatra (Bukit Barisan) sampai ke Jawa, Nusa Tenggara, dan Maluku.
b. Jalur Pegunungan Pasifik
Jalur Pegunungan Pasifik atau Sirkum Pasifik masuk ke Indonesia dari arah Filipina melalui Sangir-Talaud, Minahasa, dan melingkar ke Laut Banda.
Di wilayah yang dilalui jalur pegunungan itu banyak terdapat gunung api sehingga rawan terjadi letusan gunung api dan gempa bumi vulkanik. Tidak heran apabila pada saat yang lalu di wilayah Yogyakarta dan sekitarnya terjadi gempa bumi.
Pada masa Mesozoikum, diperkirakan terjadi kegiatan aktif lempeng-lempeng dunia tersebut. Itu sebabnya daratan terpecah menjadi beberapa bagian. Benua Eurasia (Benua Eropa-Asia) menjadi pulau-pulau yang terpisah. Sebagian di antaranya bergerak ke selatan membentuk Pulau Sumatra, Jawa, Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara Barat, dan Kepulauan Banda. Hal yang sama terjadi pada Benua Australia. Sebagian lagi pecahannya bergerak ke utara membentuk Pulau Timor, Pulau Nusa Tenggara Timur, dan sebagian Maluku Tenggara. Pergerakan pulau-pulau hasil pemisahan dari kedua benua tersebut telah mengakibatkan wilayah pertemuan keduanya sangat labil. Kegiatan tektonis yang sangat aktif ini telah membentuk rangkaian Kepulauan Indonesia yang diperkirakan terjadi pada masa Tersier sekitar 65 juta tahun yang lalu.
Akibat naiknya permukaan air laut (transgresi), maka mengakibatkan sebagian besar daratan Sumatra, Jawa, dan Kalimantan tenggelam. Pulau Sulawesi mulai terbentuk, sedangkan Pulau Papua mulai bergeser ke utara. Pada kala Pleistosen diperkirakan terjadi pergerakan tektonis yang sangat kuat. Akibatnya, bentuk permukaan bumi berubah dengan mulai muncul rangkaian perbukitan, gunung, dan rangkaian gunung api.
Letak Kepulauan Indonesia yang berada pada jalur pegunungan api membuat tingkat keanekaragaman flora dan faunanya sangat tinggi. Berdasarkan penelitiannya, maka Alfred Russel Wallace membuat kesimpulan bahwa wilayah Indonesia terbagi atas dua wilayah yang berbeda berdasarkan keragaman flora dan faunanya. Pembagian itu adalah Paparan Sahul di sebelah timur dan Paparan Sunda di sebelah barat. Sebagai zona pembatasnya, dikenal sebagai garis Wallace yang membentang dari Selat Lombok sampai Selat Makassar ke arah utara. Fauna yang berada di sebelah timur garis Wallace disebut Australia Malayan, sedangkan fauna yang berada di sebelah baratnya disebut Indo-Malayan Region.
